이때 황면선사의 법력으로 약수를 마시어 병이 완쾌되니, 흥덕왕이 크게 감격하여 사세(事勢)를 확장하고 절 이름을 영정사(靈井寺)라 하였다. 그후 고려시대에는 일연선사(一然禪師)가 한때 이곳에 머물면서 저 유명한 삼국유사(三國遺事)를 여기서 탈고하였다고 한다.그 때 충렬왕이 이곳에 찾아와서 보시고, 과연 천하명산이라 감탄하고 이곳을 일국지 명산이요, 동방제일의 선찰이라 불렸다한다. 그간 신라와 고려에 걸쳐 보우국사, 일연선사, 천희국사 등 많은 고승들이 
머물렀다. 

1592년(선조 25년) 임진왜란이 일어나자, 천년의 고찰이 하루 아침에 잿더미로 변하여 절은 없어지고 스님들은 뿔뿔이 흩어졌으며, 당시 이 절에 기거하던 주지 쌍운(雙運)은 태백산으로 거처를 옮기면서, 영정사사적(靈井寺事蹟)이란 책을 보관하여 후세에 전함으로써, 오늘날 표충사(옛 영정사)에 대한 창건과 연혁을 살필 수 있게 된 것은 매우 다행한 일이라고 할 수 있다. 

특히, 표충사는 임진왜란 당시에 승려로서 구국일선에 앞장 서서 바람 앞의 등잔불 같은 조국을 구하신 사명대사의 유적지로서, 조선조 말기에 이르러 임진왜란때의 의승 대장인 서산, 사명, 기허 등 3대사의 영정을 봉안한 표충서원을 사찰안에 둠으로써 사명(寺名)을 표충사라 고쳐 부르게 되었다.