'4대강 수심 6m의 비밀'은 4대강 사업과 관련된 계획 변경 과정에 이명박 대통령의 모교인 동지상고 출신과 영포회 회원 등으로 구성된 '비밀팀' 입김이 작용됐다는 주장과 관련 내용을 다룰 예정이었다. 

PD수첩 제작진은 앞서 "국토해양부 산하 한강홍수통제소에서 2008년 9∼12월 4대강 살리기 계획의 기본 구상을 만들기 위한 비밀팀이 조직됐다. 이 팀에는 청와대 관계자 2명을 비롯해 국토해양부 하천 관련 공무원들이 소속돼 있었다는 정보를 입수했다"고 밝힌바 있다. 

국토해양부는 이에 대해 방송 내용은 '명백한 허위'라며 서울남부지법에 방송금지 가처분 신청을 냈고, 김재철 사장을 비롯한 MBC 경영진은 해당 프로그램의 사전 시사를 제작진에게 요구했으나 제작진은 이를 거부했다. 

MBC는 김 사장이 방송을 앞두고 사규위반을 이유로 방송 보류를 최종 지시함에 따라 이날 밤 11시15분 방송될 예정이던 'PD수첩' 대신 'VJ 특급'을 대체 편성해 방송했다. MBC가 사장 지시로 방송을 내보내지 못한 것은 지난 1990년 우루과이 라운드를 다룬 'PD수첩' 이후 처음이다.